Il paese attuale è la concretezza moderna di lontane vicende storiche che vengono perpetuate nel nome. Quando nel 1172 Viterbo distrusse l’antica città di Ferento, molti abitanti, costretti a lasciare le loro case, si ritrovarono in questo luogo vivendo per secoli in grotte divenute abitazioni. Ancor oggi, ai limiti della cittadina, se ne possono vedere alcune del tutto abbandonate o usate per necessità agricole. Le remote origini dell’insediamento umano del territorio sono rivelate da tombe etrusche tra le quali importante quella a cinque camere e dipinta di Prinzavico. Si riallaccia a queste antiche origini anche la festa campestre annuale del SS. Salvatore, che si celebra ogni 1° Maggio nei boschi di Piantorena, antico sito forato da numerose grotte e colombari e dominato da una snella torre medioevale. Le gesta degli anni che furono vollero che nel 1655, alla morte di Papa Innocenzo, donna Olimpia fu allontanata da Roma e morì due anni dopo, esattamente tre anni dopo aver acquistato il feudo del vicino centro abitato di Montecalvello. La famiglia Pamphili, quindi, perdette ogni influenza presso la corte Pontificia e, nella prima metà del 1700, si imparentò con la famiglia Doria proveniente da Genova. Il feudo Grotte S. Stefano-Montecalvello-Vallebona passò, così, al casato di Doria-Pamphili che vanta ancora oggi alcuni diritti più o meno consistenti. Girando per il paese, si possono scorgere ancora oggi gli antichi stemmi del casato scolpiti su blocchi peperino.
Gli abitanti di Grotte continuarono a dipendere civilmente dai proprietari del Feudo e religiosamente dall’Arciprete di Montecalvello. Fin quando, nel 1808, Napoleone I occupò Roma cosicché i cittadini di Grotte, nel 1809, assunsero l’autonomia civile. La nascita del comune avvenne nello stesso anno e si apprende da alcuni documenti che portano l’intestazione di Napoleone I Imperatore di Francia Re d’Italia.
Infatti questi, non più diretti ai Doria Pamphili, sono indirizzati al Circondario di Viterbo e al “Maire de la Comune di Grotte S. Stefano”. Decaduto il dominio francese, nel 1813, il Comune di Grotte S. Stefano continuò ad esistere, ma il capo dello stesso non si chiamerà più Maire ma Gonfaloniere prima, poi Sindaco, quindi Podestà e poi di nuovo Sindaco.
Nel 1928 il Comune di Grotte S. Stefano venne soppresso ed accorpato a quello di Viterbo, la cui città fu elevata a Capoluogo di Provincia.
Dopo 756 anni il sogno di un’autonomia propria fu assorbito da quello dei signori medioevali, che vedevano riunito sotto il segno del leone, simbolo di Viterbo, tutto il territorio già appartenente all’antica distrutta città di Ferento e all’antico feudo dei Monaldeschi.
